水口检验检疫局综合实验室始建于2006年， 2007年5月开始启用，面积仅有350平方米，至2015年8月，综合实验室整体搬迁到2750平方米的新建实验楼，实验楼共六层，布局功能包括了动物检疫，植物检疫，微生物检疫，食品理化，分子检测等。2017年1月，综合实验室通过了中国合格评定国家认可委员会（CNAS）“三合一”监督评审。                                                          
    2017年，水口局综合实验室共有专业检测人员7人，专业涵盖化学分析、食品工程、植物保护、生物工程、动物医学等，基本满足现有实验室的检测领域要求。综合实验室配有大型仪器包括原子吸收分光光度计、原子荧光光度计、测汞仪、液相色谱仪、气质联用仪、生物安全柜、莱卡智能显微分析系统等。快速检测设备包括二氧化硫快速检测仪、农药残留快速检测仪、兽药残留快速检测仪、黄曲霉毒素B1快速检测仪、微生物快速检测仪、水产品快速检测仪及重金属快速检测仪等快速检测设备。目前已通过认证，可开展检测项目包括：食品检测项目的重金属铅、镉、砷、汞、铬；微生物类的沙门氏菌、副溶血性弧菌、霍乱弧菌、单增李斯特氏菌、金黄色葡萄球菌、志贺氏菌、细菌总数、大肠杆菌；理化类检测的酸价、过氧化值、水分、灰分、；农药残留的六六六、DDT；添加剂的山梨酸、苯甲酸、糖精钠、胭脂红、苋菜红、柠檬黄、日落黄、亮蓝；植检类项目的谷斑皮蠹、桔小实蝇、四纹豆象、果肉芒果象甲等15种； 生物类毒素的黄曲霉毒素B1等。下步，水口局综合实验室将通过加强人员培训，增加实验室检测能力的扩项，进一步提高检测技术能力，为服务口岸经济发展，技术把关国门奠定夯实基础。